La population de phoques gris et de veaux marins du loch attire les naturalistes depuis le XIXe siècle, lorsque les bateaux à vapeur transportaient les premiers voyageurs victoriens le long du Great Glen. Ces colonies occupent des îlots rocheux et des récifs dispersés sur les parties médiane et extérieure du loch, se reposant à marée basse entre leurs expéditions de chasse en eau plus profonde. Le Fort William Town Pier, point de départ des croisières animalières, se trouve à la tête du loch, sous les pentes nord du Ben Nevis, le plus haut sommet de Grande-Bretagne avec 1 345 mètres.
Les colonies de phoques visibles depuis l'eau aujourd'hui sont les descendantes de populations qui ont colonisé les Highlands de l'Ouest après la dernière glaciation, il y a environ 10 000 ans. Les phoques gris, les plus grands des deux espèces, peuvent peser 300 kilogrammes et plonger à des profondeurs dépassant 70 mètres ; les veaux marins, plus petits et plus timides, s'aventurent rarement au-delà de 30 mètres. Les deux espèces sont protégées par le droit européen de la conservation, et les eaux autour de Fort William font partie d'une zone spéciale de conservation qui s'étend le long des Hébrides intérieures. La bathymétrie escarpée du loch — avec des profondeurs atteignant 150 mètres par endroits — crée des courants ascendants qui apportent des nutriments à la surface, soutenant les stocks de poissons dont dépendent les phoques. Le hareng, le maquereau et le lançon constituent l'essentiel de leur alimentation, et les observateurs à bord des croisières sont souvent témoins de comportements de chasse dans les chenaux entre Lismore et le continent.
Les opérateurs de croisières travaillant depuis le Fort William Town Pier proposent des passages pour observer les phoques depuis le début des années 1990, lorsque de petits pneumatiques à coque rigide ont remplacé les navires de charge qui desservaient autrefois les fermes isolées. Les navires modernes transportent de 12 à 20 passagers, équipés de bancs et de rails ouverts permettant des lignes de vue dégagées. Les départs s'alignent sur les fenêtres de marée qui maximisent les chances de rencontrer des phoques échoués sur des rochers exposés, généralement deux à trois heures de chaque côté de la marée basse. Les voyages commentés durent deux heures et suivent des itinéraires vers le sud-ouest au-delà de Corran Narrows, où le loch se resserre à moins de 400 mètres, puis reviennent le long de la rive est. Des biologistes marins et des guides naturalistes fournissent des commentaires sur le comportement des phoques, la géologie et l'histoire de l'occupation humaine le long du loch, qui reste l'un des tronçons de littoral les moins développés des Highlands de l'Ouest.
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