Le Loch Linnhe s'étire sur 32 kilomètres de Fort William vers le sud-ouest jusqu'à l'Atlantique. Ses eaux froides et riches en nutriments abritent l'une des colonies de phoques communs les plus denses d'Écosse. Plus de 120 phoques se reposent sur les îlots rocheux et les récifs disséminés entre les Corran Narrows et l'embouchure du Loch Eil, leur nombre augmentant chaque printemps lorsque les petits naissent sur les bancs de galets abrités. Les phoques partagent ces affleurements de basalte avec des hérons cendrés, des cormorans, des huîtriers pie et des sternes arctiques, tandis que des pygargues à queue blanche patrouillent le rivage et survolent parfois le sillage des navires. La croisière sur l'île aux phoques de Fort William part du quai de la ville, au nord du loch, là où les bateaux à vapeur victoriens faisaient escale pour transporter les touristes vers le chemin de fer du West Highland récemment ouvert. Le voyage de deux heures suit la rive est en passant par Caol et la réserve marine du Loch Linnhe, puis balaie l'eau libre vers l'ouest en direction des îles inhabitées. Les capitaines ajustent l'itinéraire en fonction de la marée et de la saison, se faufilant entre les récifs à marée basse ou faisant escale près de l'île aux phoques lorsque la colonie se repose sur la roche exposée. Les bateaux fonctionnent toute l'année, bien que les mois d'été entre mai et septembre offrent la plus longue luminosité et les conditions les plus calmes, tandis que l'automne apporte les oies migratrices et le spectacle des saumons remontant la rivière Lochy. La position de Fort William, à la jonction de trois lochs marins (Linnhe, Eil et Leven), a ancré son économie maritime depuis que la garnison du XVIIe siècle a été construite pour commander le Great Glen. La pêche commerciale et la récolte de varech ont décliné au XXe siècle, mais le tourisme animalier a progressé régulièrement depuis les années 1990, lorsque les premiers opérateurs spécialisés dans l'observation des phoques ont commencé à travailler depuis le quai. Aujourd'hui, le quai sert de point de départ aux croisières naturalistes du Loch Linnhe, aux aventures en hors-bord dans le Loch Eil et aux excursions saisonnières programmées pour suivre le train à vapeur Jacobite lorsqu'il traverse le viaduc de Glenfinnan. La population de phoques du loch est surveillée par le Scottish Marine Animal Stranding Scheme, qui enregistre les observations et suit la santé des colonies reproductrices le long de la côte ouest. Les phoques communs mettent bas en juin et juillet, et les petits restent avec leur mère pendant quatre à six semaines avant de s'aventurer dans des eaux plus profondes. Les phoques gris, plus grands et moins nombreux, se reproduisent en automne sur des récifs plus isolés. Les deux espèces sont protégées par le Marine (Scotland) Act, et les opérateurs de bateaux suivent un code volontaire qui limite les distances d'approche et la vitesse des moteurs près des sites de repos. Les croisières sur l'île aux phoques de Fort William opèrent selon ces directives, en maintenant une zone d'exclusion de 50 mètres et en coupant les moteurs lorsque les phoques entrent dans l'eau, garantissant que les visites répétées ne perturbent pas les habitudes de reproduction ou d'alimentation.