Loch Linnhe erstreckt sich 32 Kilometer von Fort William in südwestlicher Richtung in den Atlantik. Sein kaltes, nährstoffreiches Wasser beherbergt eine der dichtesten Seehundkolonien Schottlands. Mehr als 120 Seehunde ruhen sich auf den felsigen Inselchen und Klippen aus, die zwischen den Corran Narrows und der Mündung des Loch Eil verstreut liegen; ihre Zahl wächst jeden Frühling, wenn die Welpen auf geschützten Kiesbänken geboren werden. Die Seehunde teilen sich diese Basaltaufschlüsse mit Graureihern, Kormoranen, Austernfischern und Küstenseeschwalben, während Seeadler die Küstenlinie patrouillieren und gelegentlich über den Kielwassern vorbeifahrender Schiffe kreisen. Die Fort William Seal Island Cruise startet am Stadtpier am Kopf des Lochs, wo einst viktorianische Dampfer anlegten, um Touristen zur neu eröffneten West Highland Railway zu befördern. Die zweistündige Reise führt am Ostufer vorbei an Caol und dem Loch Linnhe Marine Reserve und schwenkt dann westlich über das offene Wasser in Richtung der unbewohnten Inseln. Die Kapitäne passen die Route je nach Gezeiten und Jahreszeit an, fädeln bei Niedrigwasser zwischen den Klippen hindurch oder halten vor Seal Island station, wenn die Kolonie auf freiliegendem Fels ruht. Die Boote fahren das ganze Jahr über, wobei die Sommermonate zwischen Mai und September die längsten Tage und die ruhigsten Bedingungen bieten, während der Herbst Zuggänse und das Schauspiel der Lachswanderungen im River Lochy mit sich bringt. Die Lage von Fort William am Zusammenfluss von drei Meeresarmen – Linnhe, Eil und Leven – hat seine maritime Wirtschaft seit dem Bau der Garnison im 17. Jahrhundert zur Sicherung des Great Glen geprägt. Kommerzielle Fischerei und Tangernte gingen im 20. Jahrhundert zurück, aber der Naturtourismus wächst seit den 1990er Jahren stetig, als die ersten spezialisierten Seehundbeobachtungsanbieter vom Stadtpier aus begannen. Heute dient der Pier als Ausgangspunkt für Wildtier-Kreuzfahrten auf dem Loch Linnhe, Hochgeschwindigkeits-Bootsabenteuer in den Loch Eil und saisonale Ausflüge, die darauf abgestimmt sind, den Jacobite Steam Train bei der Überquerung des Glenfinnan-Viadukts zu begleiten. Der Seehundbestand des Lochs wird vom Scottish Marine Animal Stranding Scheme überwacht, das Sichtungen aufzeichnet und die Gesundheit der Brutkolonien entlang der Westküste verfolgt. Seehunde bringen im Juni und Juli ihre Jungen zur Welt, und die Welpen bleiben vier bis sechs Wochen bei ihren Müttern, bevor sie sich in tieferes Wasser wagen. Kegelrobben, die größer und weniger zahlreich sind, brüten im Herbst auf entlegeneren Klippen. Beide Arten sind durch den Marine (Scotland) Act geschützt, und die Bootsbetreiber befolgen einen freiwilligen Verhaltenskodex, der die Annäherungsabstände und die Motorgeschwindigkeit in der Nähe der Ruheplätze begrenzt. Die Fahrten der Fort William Seal Island Cruise operieren innerhalb dieser Richtlinien, halten eine 50-Meter-Schutzzone ein und schalten die Motoren ab, wenn Seehunde ins Wasser gehen, um sicherzustellen, dass wiederholte Besuche weder Brut- noch Fütterungsmuster stören.